蛋白组学分析步骤是什么(解析蛋白质组学研究)

网站编辑01 2022-07-21 19:31:05 阅读:82

  今天教大家用蛋白质组学文章,从技术上轻松灌水博士毕业神刊oncotarget(发文章除了自身水平外,也看很多其他的的方面,懂的都懂)。

  在正文开始之前,推荐蛋白质组学的一本书和一篇综述,书是冷泉港蛋白质组学实验手册,适合完全不懂零基础的开始学,综述是chemical review(影响因子有40多,化学类第一高)上的Protein Analysis by Shotgun/Bottom-up Proteomics,适合有一定基础的看。

  好了,现在开始正题,什么是蛋白质组学,Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultimately, their function。

  我们主要讲的就是identification and quantification of proteins,这就引出了两类文章,第一种是尽可能多的鉴定细胞或组织中一切蛋白质,这一部分跟分析化学有关就不多讲,第二种是差异蛋白质组学,通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异,以解释细胞生理和病理机制。

蛋白组学分析步骤是什么(解析蛋白质组学研究)

  从医学角度来看,蛋白质组学整个实验流程简单易懂。第一步,不同组织或细胞样品间的蛋白质的分离,第二步蛋白质鉴定、定量,找出有显著表达差异的蛋白。第三步,在此基础上选定蛋白进行验证,最后生信分析(如下图)。

  其中分离有两套不同的流程,第一个是top-down(直接分离蛋白质),主要技术是二维电泳(不推荐,很麻烦)。第二个是buttom-up(分离蛋白质酶解后得到的多肽),主要技术是LC。

  今天要讲的是top-down,文章发在oncotarget上,题目如下

  Identification of protein clusters predictive of tumor response in rectal cancer patients receiving neoadjuvant chemo-radiotherapy

  背景什么的就不说了,速读摘要看具体怎么做的。

  1. 通过比较差异蛋白表达找出一个生物标志物来预测疗效好坏。

  2. 根据疗效来设置3个组比较差异表达蛋白,用双向荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)来进行分离定量。

  3. 通过2D胶图象分析软件找出30个显著差异表达的蛋白质点,其中16个点的表达在TRG1-2 vs TRG3有显著差异,14个点的表达在TRG1-2 vs TRG4有显著差异。作者用这里的30个点作为参数降维进行主成分分析,发现不管是TRG3还是TRG4与TRG1-2都可以很好的分开。

  另外还分析了30个点在正常与癌症组织中的表达情况。

  对比发现377、471、683和684四个蛋白质点的表达在TRG3 和TRG4 vs TRG1-2均有显著差异。471、683和684三个点在正常与癌症组织中表达有显著差异。

  4.将蛋白质点酶切成多肽,用nano-lc分离后用生物质谱鉴定蛋白质。

  5.将鉴定出的候选蛋白质用另一批病人来验证,最后用STRING进行了蛋白相互作用分析。

  该文思路简单,分离-鉴定-验证分析,是一篇经典的应用二维电泳来进行差异蛋白质组学分析的文献,值得参考。

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